Le Mew Mew sono cinque giovani paladine della giustizia. La protagonista è Ichigo (Strawberry), una simpatica ragazzina di 13 anni, che viene coinvolta in una vicenda più grande di lei. Durante il suo primo appuntamento con Masaya (Mark), ad una mostra sugli animali in via d'estinzione (Red Data Animal), viene colpita da un misterioso raggio che trasferisce nel suo patrimonio genetico il DNA di una specie molto rara di Gatto Selvatico. Da quel momento Ichigo è in grado si trasformarsi in Mew Ichigo (Mewberry). I responsabili dell'accaduto sono due ragazzi, Ryou e Keiichirou (rispettivamente Ryan e Kyle), che invitano Ichigo nel loro locale, il Café Mew Mew, il quale serve come copertura per il loro importantissimo progetto segreto: il µ-project.
I ragazzi le spiegano che degli extraterresti stanno minacciando la Terra e che solo la formazione di una squadra di super-eroine, le Mew Mew, potrà contrastarli ed evitare la distruzione della razza umana. Ogni componente del gruppo è stata selezionata perché idonea a ricevere il DNA di alcune specie di animali in via d'estinzione, come è accaduto ad Ichigo, grazie al quale può trarre i poteri e la forza necessari ad affrontare e combattere i nemici. Il gruppo è formato da cinque elementi ed Ichigo avrà il compito di scovare e radunare le quattro ragazze mancanti: la benestante Minto (Mina), la timida Retasu (Lory), l'esuberante Purin (Paddy), e la famosa modella Zakuro (Pam). Quello che è certo è che in città sono comparse delle creature mostruose e dalle preoccupanti potenzialità distruttive, chiamate Chimeri (Chimera = Anima nella versione originale), frutto della fusione tra un animale ed un alieno-parassita chiamato Para-Para. La loro apparizione è opera degli alieni, anzi, di un alieno in particolare: Kisshu (Kish). Questi assiste ed esegue gli ordini di Profondo Blu, un'entità misteriosa di cui sentiamo solo la voce, che considera gli umani esseri inferiori ed un ostacolo ai suoi oscuri piani.
Le Mew Mew intervengono di volta in volta a sventare le offensive di Kisshu, rammaricato di non poter soddisfare le aspettative del suo leader, ma allo stesso tempo sempre più attratto dall'abilità delle sue nemiche, in particolar modo di Ichigo, della quale finisce per innamorarsi... La lotta continua tra le Mew Mew e gli alieni, nuovi personaggi si aggiungono: Pai e Taruto, due nuovi pericolosi nemici, quindi il Cavaliere Blu, un personaggio enigmatico metà alieno e metà umano che accorre a proteggere Ichigo nei momenti di pericolo, e sullo sfondo, l' Acqua Cristallo, un misterioso cristallo la cui ubicazione è a tutti sconosciuta, che potrebbe rivoltare le sorti della battaglia, permettendo alle Mew Mew di salvare il pianeta, oppure agli alieni di dare via al tanto agognato risveglio di Profondo Blu, il cui potere sarebbe definitivamente in grado di spazzare via la razza umana permettendo agli alieni di tornare sulla Terra...
